EN
TÜRKÇE
Poster - 43
Evaluation of Anorectal Malformation-Related Genes In Nine Children With Anorectal Malformation By Next-Generation Sequencing
K Seçgen*, BŞ Bülbül**, G Arkan**, FS Ezgü*, YH Çavuşoğlu**
*Gazi University Faculty of Medicine Dept. of Pediatric Genetics
**Gazi University Faculty of Medicine Dept. of Pediatric Surgery
Objective: In this study, we aimed to identify possible pathogenic variants in anorectal malformation (ARM)-related genes by next-generation sequencing in nine patients with ARM and various additional clinical features.
Methods: Nine patients, five girls and four boys, aged between one year and eight months and nine years and eight months, with ARM and additional clinical findings were included in the study. In these patients, ACOT9, B9D1, BMP4, CAPN15, DACT1, FGF10, FGF8, FOXF1, FREM1, GLI2, HOXD12, HOXD13, LPP, MKKS, MYH14, PCSK5, PTEN, RECQL4, SP8, TCF4, TRAP1, TTLL11, WNT11, WNT3A, WNT5A, ZIC3 ve ZNF157 genes were analyzed using next generation sequencing. Detected variants were interpreted according to ACMG 2015 criteria.
Results: Variants of uncertain clinical significance were detected in three of the nine patients, and no likely pathogenic or pathogenic variant was detected in any of the patients. Variants of uncertain clinical significance were c.683C>T (p.Pro228Leu) heterozygous for MYH14 gene, c.1630A>G (p.Ile544Val) heterozygous for CAPN15 gene and c.7984A>G (p.Met2662Val) heterozygous for CHD7 gene. Since variants in MYH14 and CAPN15 genes have been reported to be associated with disease in homozygous or compound heterozygous cases, further genetic analyses are planned to investigate the presence of a second mutation in these patients. In CHD7, some heterozygous variants have been reported to be associated with CHARGE syndrome. In the history of the patient with a variant in MYH14, it was learned that Cat-Eye syndrome was suspected in microarray analysis. In the other six patients, although one patient had clinical findings compatible with VACTERL (left renal agenesis, sacral agenesis) and the others had various congenital anomalies (atrial septal defect, vesicoureteral reflux, tethered cord), no variant that could be associated with ARM could be detected and further genetic evaluation was planned for these patients.
Conclusion: In this study, some variants of uncertain clinical significance were identified in three patients with ARM. The role of these variants in the pathogenesis of the disease should be investigated in more detail in future large-scale studies. Understanding the genetic basis of ARM is of great importance for diagnosis, genetic counseling and potential treatment approaches.
Anorektal Malformasyonlu Dokuz Çocukta Yeni Nesil Dizileme Yöntemiyle Anorektal Malformasyon İlişkili Genlerin Değerlendirilmesi
K Seçgen*, BŞ Bülbül**, G Arkan**, FS Ezgü*, YH Çavuşoğlu**
*Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı Ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı, Çocuk Genetik Bilim Dalı
**Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Cerrahisi AD
Amaç: Bu çalışmada, anorektal malformasyon (ARM) tanısı alan ve çeşitli ek klinik özelliklere sahip dokuz hastada, yeni nesil dizileme yöntemiyle ARM ile ilişkili genlerde olası patojenik varyantları tespit etmek amaçlanmıştır
Yöntem: Çalışmaya, ARM ve ek klinik bulgulara sahip, yaşları bir yıl sekiz ay ile dokuz yıl sekiz ay arasında değişen beşi kız dördü erkek dokuz hasta dahil edilmiştir. Bu hastalarda, literatürde ARM ile ilişkili olduğu bildirilen ACOT9, B9D1, BMP4, CAPN15, DACT1, FGF10, FGF8, FOXF1, FREM1, GLI2, HOXD12, HOXD13, LPP, MKKS, MYH14, PCSK5, PTEN, RECQL4, SP8, TCF4, TRAP1, TTLL11, WNT11, WNT3A, WNT5A, ZIC3 ve ZNF157 genleri yeni nesil dizileme yöntemi kullanılarak analiz edilmiştir. Saptanan varyantlar ACMG 2015 kriterlerine göre yorumlanmıştır.
Bulgular: Dokuz hastanın üçünde klinik önemi belirsiz varyantlar saptanmış olup, hastaların hiçbirinde olası patojen ve patojen varyant tespit edilememiştir. Klinik önemi belirsiz varyantlar, MYH14 geninde c.683C>T (p.Pro228Leu) heterozigot, CAPN15 geninde c.1630A>G (p.Ile544Val) heterozigot ve CHD7 geninde c.7984A>G (p.Met2662Val) heterozigot olarak saptanmıştır. MYH14 ve CAPN15 genlerindeki varyantlar, homozigot ya da bileşik heterozigot durumlarda hastalıkla ilişkili raporlandığından, bu hastalarda ikinci bir mutasyonun varlığını araştırmak amacıyla başka genetik analizlerin yapılması planlanmıştır. CHD7'de ise bazı heterozigot varyantlar CHARGE sendromuyla ilişkili bildirilmiştir. MYH14’te varyant saptanan hastanın öyküsünden, mikrodizin analizinde Cat-Eye sendromu şüphesi olduğu öğrenilmiştir. Diğer altı hastada ise, birinde VACTERL ile uyumlu klinik bulgular (sol renal agenezi, sakral agenezi) ve diğerlerinde çeşitli konjenital anomaliler (atriyal septal defekt, vezikoüreteral reflü, tethered cord) saptanmış olmasına rağmen, ARM ile ilişkili olabilecek herhangi bir varyant saptanamamış ve bu hastalara ileri genetik inceleme planlanmıştır.
Sonuç: Bu çalışmada, ARM’li üç hastada klinik önemi belirsiz bazı varyantlar tespit edilmiştir. Bu varyantların hastalık patogenezindeki rolü, ileride yapılacak geniş kapsamlı araştırmalarla daha ayrıntılı olarak incelenmelidir. ARM’nin genetik temelinin anlaşılması, tanı, genetik danışmanlık ve potansiyel tedavi yaklaşımları açısından büyük önem taşımaktadır.